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Die fachliche Prüfung der Naturschutzbelange im Vollzug der Eingriffsregelung ist Aufgabe der unteren Naturschutzbehörde Ihres Landkreises bzw. Ihrer kreisfreien Stadt bzw. den oberen Naturschutzbehörden der Struktur- und Genehmigungsdirektion Nord bzw. Struktur- und Genehmigungsdirektion Süd in Abhängigkeit von der Verwaltungsebene. Die Naturschutzbehörden werden von den Zulassungsbehörden (z. B. Wasserwirtschaft, Straßenbau) im Benehmen beteiligt. Eingriffe, die keinem fachgesetzlichen Verfahren unterliegen, werden von den unteren Naturschutzbehörden in einem eigenständigen naturschutzrechtlichen Verfahren geprüft und entschieden.